Das kirchliche Leben in Bayerisch Eisenstein begann 1694, als Graf Johann Heinrich Notthafft von Wernberg für seine Hofmark in Böhmisch Eisenstein eine Kirche errichten ließ. Diese Mutterkirche des Eisensteiner Tals gehörte zum Kurfürstentum Bayern und zum Bistum Regensburg. Dort hatte das gesamte kirchliche Leben seinen Mittelpunkt. Die seelsorgerliche Betreuung übernahmen Patres des Zisterzienserklosters Gotteszell.
In Folge des Spanischen Erbfolgekriegs kam es zu Grenzkonflikten zwischen Bayern und Böhmen, die erst 1764 durch den so genannten „Grenzhauptvertrag“ gelöst werden konnten. In der Folge wurde die Hofmark Eisenstein in einen böhmischen und einen bayerischen Teil aufgeteilt. Nach wie vor gehörte jedoch die Pfarrei Eisenstein zum Bistum Regensburg.
1771 ging die Hofmark in den Besitz des Glashüttenherrn Franz Ignaz von Hafenbrädl über. Dieser errichtete 1788 am Bayer. Häuslein Herrenhaus, ein Bräuhaus, einige kleine Arbeiterhäuser und die Schloßkapelle „Zur lieben Frau“.
Im Jahre 1809 kam das böhmische Gebiet der Pfarrei Eisenstein zum Bistum Budweis, für den bayerischen Teil wurde eine Expositur errichtet, die der Pfarrei Lam zugeordnet war.
Die Kapelle erwies sich bald als zu klein, sodass 1842/44 eine eigene Expositurkirche errichtet wurde.
Mit dem wirtschaftlichen Aufschwung Eisensteins, zu dem vor allem die Eisenbahn beigetragen hatte, kam auch der Wunsch nach einer angemessenen Kirche auf. Fürst Leopold von Hohenzollern, der größte Grundstücksbesitzer von Bayer. Eisenstein, übernahm das Protektorat, gab eine großzügige Spende und schenkte der Pfarrgemeinde einen Bauplatz.
Im Jahr 1909 war die von Hans Schnurr, München, geplante Kirche fertiggestellt. Zugleich wurde die bisherige Expositur zu eigenständigen Pfarrei erhoben.